La  Cappella del SS. Sacramento (nella Chiesa Madre)  è  un'opera complessa completata nel  1596. Essa  è testimonianza unica, storica, teologica e artistica realizzata nella seconda metà del XVI secolo da eccellenti artisti formatisi alla scuola di Michelangelo secondo le indicazioni date dai gesuiti del Collegio Mamertino di Messina.  All'indomani del Concilio di Trento viene ideata un'opera così eccellente che ne recepisce in maniera esemplare le indicazioni.
La Cappella, completata nel 1596, venne presa a modello due anni dopo da papa Clemente VIII per la costruzione dell'analoga Cappella in San Giovanni in Laterano a Roma. 
Essa è  contemporanemente opera di architettura, pittura e scultura;   presenta tutta la storia della salvezza dall'Annunciazione alla Resurrezione di Cristo, ma la parte più pregevole è costituita dall'Ultima Cena in marmo e da cinque piccoli dipinti raffiguranti episodi del Vecchio Testamento. L'opera, dopo l'ottimo restauro curato dalla Sovrintendenza di Messina, è tornata al suo primitivo splendore.